ご祭神と由緒
ご祭神は、贈太政大臣・藤原師賢卿（花山院師賢）です。後醍醐天皇の側近として仕え、元弘の変では身代わりとなって比叡山に挙兵したのち、下総国へ配流されました。明治12年に社号を賜り、明治15年には墓跡に社殿が造営され、別格官幣社（建武中興十五社の一社）に列格しました。天皇の身代わりとなった故事から、身代わりの神・回復の神として信仰されています。
見どころ
境内は小御門神社の森として知られ、スギやシラカシなどの巨木が茂る豊かな社叢林が広がります。県指定天然記念物にもなっており、静かな森の気配が印象的です。社殿前の狛犬脇にそびえる御神木のモミの木や、山岡鉄舟にゆかりのある手水舎なども見どころです。
参拝メモ（アクセス・御朱印）
御朱印は社務所で授与され、通常御朱印のほか、月替わりの和歌御朱印、朔日まいり限定御朱印、見開き御朱印などがあります。受付時間は概ね9時〜16時で昼休止ありです。最寄りはJR成田線・滑河駅で、タクシー約7分、成田市コミュニティバス「小御門神社前」下車すぐ。車なら圏央道・下総ICから約10分で、無料駐車場があります。